Tên của miệng núi lửa có nguồn gốc từ một từ tượng thanh khi nó được các mục vụ Maasai khi họ nghe những âm thanh phát ra từ lạc bò (ngoro ngoro). Dựa trên các bằng chứng hóa thạch tại Hẻm núi Olduvai, nhiều loài Người khác nhau trong khoảng thời gian 3 triệu năm đã được biết đến.

Những người săn bắt hái lượm trong quá khứ đã dần được thay thế bởi những mục súc cách đây vài nghìn năm. Những người Mbulu đến khu vực này khoảng 2.000 năm trước và sau đó là những người Datooga cách đây khoảng 1.700 năm.[5] Sau đó cả hai nhóm người này đã bị đuổi khỏi khu vực bởi những người Maasai trong những năm 1800.[6]

Những cây vả khổng lồ ở phía tây bắc của rừng Lerai là những nơi thiêng liêng đối với người Maasai và Datooga. Một số cây trong số đó có thể đã được trồng lên trên mộ của một nhà lãnh đạo Datago đã chết trong trận chiến với người Maasai vào khoảng năm 1840.[7]

Không có người châu Âu nào đã từng đặt chân đến miệng núi lửa Ngorongoro cho đến năm 1892, khi nhà thám hiểm Oscar Baumann đã ghé thăm khu vực này. Hai anh em người Đức là Adolph và Friedrich Siedentopf trồng trọt tại miệng núi lửa cho đến khi Chiến tranh Thế giới thứ nhất bùng nổ, sau khi thuê đất từ ​​chính quyền Đông Phi Đức. Họ thường xuyên chụp hình và cố gắng lùa những con linh dương đầu bò ra khỏi miệng núi lửa.[1][6][8]

Năm 1921, pháp lệnh về khu bảo tồn thú săn đầu tiên đã được thông qua, trong đó có việc hạn chế săn bắn. Năm 1928, việc săn bắn bị cấm trên tất cả các vùng đất trong vành miệng núi lửa, ngoại trừ các trang trại Siedentopf cũ. Pháp lệnh Vườn quốc gia năm 1948 (thực hiện năm 1951) đã thành lập Vườn quốc gia Serengeti (SNP). Tuy nhiên, điều này lại gây ra vấn đề lớn với người Maasai và các bộ tộc khác, và để giải quyết điều đó thì Pháp lệnh Khu bảo tồn Ngorongoro (NCA) (1959) đã tách Ngorongoro khỏi Serengeti. Các mục vụ Maasai sống trong Vườn quốc gia Serengeti được di dời đến Ngorongoro một cách có hệ thống, gia tăng dân số Maasai và gia súc của họ sống trong miệng núi lửa Ngorongoro.[4]:48[9] Cơ quan Quản lý Khu bảo tồn Ngorongoro được thành lập theo Luật Khu bảo tồn thú săn vào năm 1976 và sở hữu phần lớn đất đai của Ngorongoro, bao gồm cả miệng núi lửa. Khu vực này đã trở thành Di sản thế giới của UNESCO vào năm 1979.[10] Đạo luật Bảo tồn Động vật hoang dã năm 2009 tiếp tục hạn chế sử dụng tài nguyên tại miệng núi lửa Ngorongoro của con người và hình thành một khung pháp lý để giảm dần và thay thế những mục vụ truyền thống tại đây.[4]:57-59

Đất đai trong khu bảo tồn đa dụng và độc đáo vì nó là khu vực bảo tồn duy nhất ở Tanzania bảo vệ động vật hoang dã trong khi vẫn cho phép con người cư trú. Việc sử dụng đất được kiểm soát để ngăn chặn các tác động tiêu cực đến quần thể động vật hoang dã. Ví dụ, trồng trọt bị cấm ở tất cả khu vực, nhưng vẫn cho phép ở mức độ đủ mức sinh kế.

Khu vực này là một phần của Hệ sinh thái Serengeti và về phía tây bắc, nó tiếp giáp với Vườn quốc gia Serengeti và vùng đồng bằng Nam Serengeti. Những vùng đồng bằng này cũng mở rộng về phía bắc về Loliondo, là khu vực không được bảo vệ. Phía nam và phía tây của khu vực này là vùng cao nguyên núi lửa, bao gồm miệng núi lửa Ngorongoro nổi tiếng và miệng núi lửa Empakaa ít được biết đến hơn. Ranh giới phía nam và phía đông được xác định bởi vành "bức tường" của Đới tách giãn Đông Phi, ngăn cản sự di cư của các loài động vật theo những hướng này.